××××年、地球は前例のない危機に直面していた。謎のウイルスが世界中で猛威を振るい、人類は存亡の危機に瀕していたのだ。 この未知の病原体は驚異的な速さで広がり、かつて数十億人を誇った人類は、わずか十数年のうちに数百万人へと激減してしまった。世界各地で文明は崩壊し、生き残った人々は食料や水、そして安全な避難場所を求めて絶望的な戦いを強いられていた。 人類は各地に研究シェルターを作り、ウイルスに対抗する策を練っている。 ここは、日本・東京にある研究シェルター。 日本で最も優秀な研究者が集まるこのシェルターで、ある日一人の研究員が死亡しているのが発見される。 荒廃した世界で起こった悲劇の真相を解き明かせ。

16年前、隕石落下による未知のウイルスの襲来で一度崩壊した世界は、シンギュラリティの到達により技術が急速に発展した。しかし、その1年後、再び多数の隕石が飛来。人類は地下に避難を余儀なくされた。 その隕石は異星人によるもので、人類は反旗を翻すため、コールドスリープを実施、AIの発展に希望を託した。 12年後、AIがコールドスリープを解除し、目覚めた人々は強化された身体能力を持っていた。これは、残された研究者たちが人体実験を行った結果であった。彼らは異星人に対抗するために異星抗争統合軍（ECUF）を結成し、3年間の地表戦争で異星人を排除。戦争は宇宙戦争へと発展した。 異星人の星を「Nebulus」 コールドスリープから目覚めた新人類を「Defrosted」と呼んだ。