関東を拠点とする巨大暴力団組織「鳳凰会」。その隆盛を築いた生ける伝説と呼ばれる会長、月島一平が7年の刑期を終え出所した。警察・世間の注目を避けるかのように、会は都会の喧騒から離れた別荘で出所祝いを催した。 めでたい席の後、夕方の会合で次期会長の指名が行われるはずだったが… 会合の直前で月島会長の死体が発見された。 対立する二次団体同士の確執、各々の思惑が渦巻く混沌とした中で、犯人探しが始まる。次期会長の選出までを内密かつ速やかに済ませなければならない。長い夜が始まった…。

科学ではなく魔法が発達した世界の、とある時代、黒い帝国。 約30年前、黒い帝国は赤・青共和国同盟と大戦争を行い敗北、黒の国土は荒廃した。 国土は削減され、莫大な賠償金を課され、国民は嘲笑された。 屈辱に沈む黒の国民は、「総帥」と名乗る人物を熱狂的に支持するようになった。 彼は「煽動術（呪術の一種）」の天才であり、国民の復讐心を巧みに煽り、ついに国の指導者になった。 彼らは先進的な魔法学で強力な軍隊を組織し、赤・青に対し復讐戦争を仕掛けた。 黒は連戦連勝し国土を回復したが、次第に物量に勝る赤・青に押されるようになった。 黒はついに首都近郊に追い詰められ、敗北は時間の問題となった。 官邸すら飛空魔術隊の空襲を受けるため、総帥自身が地下壕に逃げ込む有様だった。 絶望する総帥に、一人の博士が言った。 「私の魔法学の研究が完成すれば、間違いなく逆転できます。あと数日で完成します！」 総帥は歓喜し、完成を今か今かと待ち続けた。 しかし完成の前日、博士は死体となって発見された。 総帥は怒り狂い、博士を殺した犯人を必ず血祭りにあげると宣言し、完成しているはずの研究を血眼で捜索する。 勝利のためには、あの研究が絶対に必要なのだ。 明日には赤の軍隊がここに乗り込んでくるだろう。 タイムリミットは近い。存亡をかけた推理が始まった。