オルフィニア大陸でもっとも強い者を決める闘技大会が開催されるとある日。4つの国から代表として選ばれた敗者復活を含む5人の選手が集結した。しかし開会式を目前として、選手控室で1人の選手が殺害された。残された4人は、犯人を探すことを余儀なくされた。闘技大会が始まるまであと1時間しかない。 いったいなぜこの惨劇は起こったのか？闘技大会は無事開催できるのか？

遥か昔から、忌み嫌われ、また畏敬される場所――それが「オニロ島」。 伝えられるところによれば、1度足を踏み入れた者は、2度と帰ってくることの出来ない、禁断の島である。 ある日、不意にその島の周囲を、狂気を孕むかのような嵐が取り巻いた。 嵐は収まることなく、日に日にその勢いを増し、国「フリーダム」へも未曾有の自然災害をもたらす。 この危機を前に、勇気ある者たちが次々と調査隊として派遣されたが、誰一人として帰還を許されなかった。 そして、数多の犠牲の中で、ただ1人――ジーンだけが、帰ってきたのだ。 「オニロ島に、すべての元凶がある。それを壊せば、我々は救われる……」 ジーンの一言で、再び調査隊が結成された。 あなた達は調査隊としてオニロ島を目指す。果たして島にたどり着くことは出来るのか。嵐を止められるのか。

年に一度、ジルコンの力の活用した世界中の最先端技術が集結する「ジルコン・シンポジウム」 虹色に輝く空と、８本足の馬に引かれた大型馬車が駆け巡る華やかな会場には、観客たちの興奮と期待に満ち溢れている。最大の見どころは、各国代表の一般参加者による新発明のコンテスト。これまで未来を切り拓く数々の新技術が披露されてきたコンテストに観客の注目が集まる。 しかし、大勢の観客が見守る中、司会者がステージ上で突然倒れてしまう。 参加者たちが持ち込んだ新しい技術が犯行に使われたのか？果たして、事件の真相とは？ ジルコン技術の未来と影。『PROJECT ZIRCON』の世界観で繰り広げられる壮大な謎解きと騙し合いの幕が、今ここに上がる。

とあるセミナーを受講するために集まった5人。休憩後、たくさんお金を儲けられる方法を教えてもらうはずだったのに、いつまでたっても帰って来ない。 パーテーションの裏を見ると講義を行っていた禰津御郷（ねづみこう）の死体が見つかった。 何故禰津御郷（ねづみこう）は死んでしまったのか話し合いが始まる。

パラタ・ピリミ・プルトは小学五年生の仲良し三人組。 パラタとピリミがいつも遊んでいる公園に着くと、砂場で気絶しているプルトの姿が！ 二人はその理由を突き止めることにしました。

　農業から工業へ、手工業から機械へ、各国で産業革命が進む中、目覚ましい発展を遂げているS国。その国と周辺国を繋ぐ内海を渡るのは、S国の技術の結晶である大型客船“メモリア号”だ。 　ある日の船内では、“記憶の宝石”マーダライトの特別展示が行われていた。しかし、出航から数時間後、マーダライトはケースから忽然と姿を消した。 　S国では宝石を狙う神出鬼没の怪盗が時折、世間を騒がせているが、今回の一件は果たして――。 　集められた6人の男女。逃げ場のない船上でそれぞれの思惑が交錯する。 　マーダライトはどこへ消えたのか。そして、この船の行く末は……。

あ、これ明晰夢だ。 そう理解した主人公と夢の案内人（？）たまたまピロピロのお話。

かつて平和だった王国が、突如現れた魔王によって危機に陥った。世界を救うために選ばれた5人の英雄たちが、魔王討伐の旅に出る。 「5人の英雄たちよ。君たちの物語は今ここから始まる。道の先に待つのは、希望か、絶望か――それは君たちの選択に委ねられている。」 どの結末を選ぶかは君たちの行動によって決まる。新たな希望が生まれるか、さらなる闇が広がるかは、誰にも分からない。 君は魔王を倒すことができるのか!!

【THE SURVIVORS MUST DIE.(ザ・サバイバーズ・マスト・ダイ)】 あなたたちは、とある雪山にやってきた調査隊のメンバーだ。 深い雪道をかき分けながら進み、ようやく山頂にある山小屋まで到達することができたが、その翌朝。 夜の間の猛烈な吹雪によって道は失われ、下山することができなくなってしまった。 雪山の遭難者となったあなたたちは、限られた物資を使って生きのびながら、この雪山から生還する手段を見つけ出さなければならない。

部屋に閉じ込められたあなた。 物は見えているのだが、何なのかがわからない。 謎を解き、失った何かを取り戻し、正解を導いて元の世界に帰ろう！